L’année est U.C. 0105. Douze ans se sont écoulés depuis la fin de la seconde guerre de Neo Zeon (la rébellion de Char). Même après le “Choc d’Axis”, qui semblait indiquer l’avenir de l’humanité et du Siècle Universel, le monde reste dans une situation chaotique où des conflits militaires intermittents continuent d’éclater. Le gouvernement de la Fédération de la Terre est plus corrompu que jamais, et sa direction a non seulement accéléré la pollution terrestre, mais a aussi mis en place une politique inhumaine de “Chasse à l’Homme”, où des civils sont exilés de force dans l’espace.
L’organisation anti-Fédération “Mafty”, dirigée par une personne appelée “Mafty Navue Erin”, s’est dressée contre la corruption de la Sphère Terrestre. Mafty mène de violentes actions terroristes, assassinant un à un les hauts responsables du gouvernement fédéral, mais elle obtient un certain soutien de la population, de plus en plus opposée à la Fédération.
Celui qui se fait appeler “Mafty” et dirige cette organisation est Hathaway Noa, fils de Bright Noa, un officier des Forces Fédérales de la Terre ayant autrefois participé à la Guerre d’Un An. Hathaway lui-même avait ret les forces cherchant à stopper la rébellion de Char. Ayant une connaissance directe des idéaux et des idéologies d’Amuro Ray et de Char Aznable, il est devenu un guerrier marchant dans leurs traces et prévoit d’ouvrir une voie à travers la résistance armée. Son destin, cependant, prend un tournant radical lorsqu’il rencontre Kenneth Sleg, un officier des Forces Fédérales, ainsi qu’une mystérieuse jeune femme du nom de Gigi Andalucia.
